Durante los primeros nueve años de su existencia funcionó bajo el nombre de Colegio Nacional Comarcal Mixto de Betanzos, pero a pedido de la comunidad educativa y apoyo popular, en pleno del Excelentísimo Consejo de Betanzos, se conoció que por orden del Ministerio de Educación y Ciencia, publicado en el BOE de 18 de noviembre de 1981, nuestro colegio pasaría a denominarse Francisco Vales Villamarín, mediante expediente incoado por el Ayuntamiento de Betanzos el 30 de diciembre de 1980. De esta forma se rindió honor al ilustre Betanceiro don Francisco Vales Villamarín: maestro, escritor, académico de la Real Academia Gallega, miembro de las Irmandades da Fala, cronista oficial de la ciudad de Betanzos, e hijo predilecto de nuestra ciudad, entre otros títulos y méritos. El 24 de abril de 1982, Don Francisco preside el acto donde descubre la placa colocada en la entrada principal que da nombre al colegio, uno de sus últimos actos, pues finalizaría cuatro meses después.
El 24 de abril de 1982 . Descubrimiento de una placa en el centro escolar de E.G.B. de Betanzos, con la nueva denominación.
El pasado 16 de mayo se celebró un acto institucional en el recinto del colegio con la asistencia de autoridades educativas, autonómicas, locales y representantes de centros educativos de la zona, y de instituciones culturales, empresas y personas relacionadas con el centro, así como un amplio Representación de la familia por Don Francisco Vales Villamarín. Don José Domingo Vales Vía (hijo de don Francisco Vales Villamarín) descubrió una placa conmemorativa de la celebración del 50 aniversario y pronunció un largo y emotivo discurso en el que abordó la vida de su padre desde la visión y el sentimiento de un hijo.